Las faldas de las montañas en ambos lados de los Andes conforman las yungas (300-2300 msnm). Más cálidas que los valles costeros, las yungas producen maíz y frutas tropicales, aunque los cultivos más valiosos suelen ser la coca y los ajíes. Sobre las yungas se encuentra la zona quechua (3100-3500 msnm), la ecozona andina más productiva en términos agrícolas y de mayor densidad poblacional. Debido a que el clima templado de los valles resulta adecuado para los cultivos vulnerables a las heladas, la agricultura seca tradicional producía maíz, menestras, hortalizas, quinua y tubérculos diversos. Cerca del 60% de la población prehispánica vivía de esta zona para arriba. Las heladas por encima de los 3500 msnm pueden matar el maíz, por lo que las quebradas y las zonas altas más amables están dedicadas a quenopodioideas, legumbres y tubérculos, principalmente papas, de las que existen casi 500 variedades. La irrigación a pequeña escala, que se alimentaba de arroyos y manantiales, era común en la prehistoria de la zona quechua. La zona suni o jalca (hasta 4000 msnm) está caracterizada por montañas frías, picos y valles profundos, ideales para el cultivo de quinua y «talwi» (también tauri, tarwi o chocho), que producen nutritivas semillas. La puna (hasta 4800 msnm) es una tundra alpina y hábitat natural de los camélidos andinos. En cuanto permitía el pastoreo de millones de llamas y 201
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